Die nationale Frage führt zu Beginn des 19. Jahrhunderts zu heftigen Auseinandersetzungen zwischen Schleswig-Holsteinisch Gesinnten und denen, die im Staatsgefüge Dänemark bleiben wollen. Es kommt zur Schleswig-Holsteinischen Erhebung (1848 - 1851) und den deutsch/dänischen Krieg (1864), der auf den Schlachtfeldern in Oeversee und Düppel entschieden wird. Schleswig-Holstein wird als Provinz in das Königreich Preußen eingegliedert und 1871 Teil des deutschen Reiches.
Tabellarische Darstellung:
| 1806 | • Höhepunkt der Flensburger Handelsschiffahrt mit 271 Schiffen und ca. 15.000 Kommerzlast. Schwerer wirtschaftlicher Rückschlag durch die napoleonischen Kriege und die Folgen der Abtretung Norwegens an Schweden (1814). |
| 1813 | • Anlage eines für alle Kirchspiele der Stadt gemeinsamen Friedhofes - des heutigen 'Alten Friedhofs' - erster kommunaler Friedhof nördlich von Göttingen. |
| 1832 | • Die erste Dampfmaschine wird in der Ölschlägerei von N. F. Friedrichsen, Neustadt 15, in Betrieb genommen. |
| 1833 | • Das neue 'Normativ' betreffend Besetzung des Magistrats und des Deputierten-Kollegiums, das den Deputierten (=Ratsherren) mehr Einfluss einräumt, tritt in Kraft. |
| 1848-1851 | • Schleswig-Holsteinische Erhebung (von den Dänen 'Dreijahreskrieg' genannt); Schleswig-Holsteiner fordern ein einiges Schleswig-Holstein bis zur Königsau als Teil Deutschlands, nationale Dänen fordern Eingliederung Schleswigs bis zur Eider. Nach dem Sieg der Dänen wird Flensburg von 1851 - 1864 Hauptstadt des Herzogtums Schleswig. |
| 1854 | • Anlage des Gaswerkes. • Eröffnung der Eisenbahnlinie Flensburg - Husum - Tönning. |
| 1856 | • Erbauung der 'Englischen Brücke' für den Umschlag von der Eisenbahn in Dampfschiffe im Transithandel zwischen Nord- und Ostsee. |
| 1857 | • Weltwirtschaftskrise - Flensburgs traditionelle Handelsstruktur zerbricht in Konkursen. |
| 1863 | • Entgegen der im 'Londoner Protokoll' eingegangenen Verpflichtung, treten das Herzogtum Schleswig und das Königreich Dänemark in ein bundesstaatliches Verhältnis ein. |
| 1864 | • Der Deutsche Bund greift ein, um den alten Zustand wiederherzustellen. Preußen und Österreich marschieren in Schleswig und Jütland ein. Dänemark muss nach der preußischen Eroberung der Düppeler Schanzen die Herzogtümer Schleswig und Holstein an Österreich und Preußen abtreten. • Niederlassungsfreiheit auch für Angehörige anderer als der ev.luth. Konfession. • Das katholische Krankenhaus 'Zum heiligen Franziskus' (Marienstraße 23/25, jetzt Dorotheenstraße 36) geht aus der Kriegskrankenpflege hervor. • Eisenbahn Flensburg-Weiche - Padborg - Tinglev - Rødekro - Vojens eröffnet. |
| 1866 | • Förde-Dampfschifffahrt der Flensburg-Ekensunder Dampfschiffahrts-Gesellschaft aufgenommen. |
| 1867 | • Inkorporation Schleswig-Holsteins nach Preußen. Die Binnen-Zollgrenze an der Königsau wird zur staatlichen Zollgrenze, die staatliche Zollgrenze an der Elbe verschwindet. Dadurch entstehen schwierige wirtschaftliche Umstellungsprobleme für Flensburg, die im Zuge des allgemeinen wirtschaftlichen Aufschwungs der siebziger Jahre (nach der Reichsgründung 1871) gelöst werden können ('Gründerzeit'). |
| 1869 | • Einführung der preußischen Städteordnung. • Eisenbahnverbindung Flensburg - Jübek - Schleswig - Rendsburg in Betrieb genommen. |
| 1870 | • Einrichtung der Handelskammer. |
| 1872 | • Gründung der Flensburger Schiffbau-Gesellschaft. |
| 1873 | • Gründung der Freiwilligen Feuerwehr. |
| 1874 | • Eröffnung der Diakonissenanstalt. |
| 1875 | • Landwirtschaftsschule wird eröffnet. • Flensburg hat 26.474 Einwohner. |
| 1877 | • Navigationsschule am Munketoft wird erbaut. |
| 1878 | • Flensburger Arbeiter-Bauverein wird als erste deutsche Arbeiter-Baugenossenschaft gegründet. |
| 1881 | • Eröffnung des Hauptpostamtes an der Rathausstraße. • Die Pferdebahn Neustadt - Angelburger Straße nimmt ihren Betrieb auf. |
| 1882 | • Inbetriebnahme des Wasserwerkes. • Bau des Justizgebäudes am Südergraben. |
| 1883 | • Abbruch des alten Rathauses. Stadtvertretung u. -verwaltung ziehen in das provisorische Rathaus, Holm 7, ein (bis 1964). • Die Handelsschule wird eröffnet. |
| 1884 | • Eine Stadtfernsprechanlage mit 26 Sprechstellen wird in Betrieb genommen. |
| 1886 | • Die Seemaschinistenschule, aus der die heutige Fachhochschule hervorgeht, wird eröffnet. |
| 1888 | • Gründung der Flensburger Export-Bierbrauerei. |
| 1889 | • Flensburg wird kreisfreie Stadt. |
| 1894 | • Inbetriebnahme des ersten Elektrizitätswerkes. • Eröffnung des neuen Stadttheaters an der Rathausstraße. |
| 1899 | • Der Schlachthof wird eröffnet. |
