Som følge af den danske krones støtte bliver Flensborg i en periode Hanse-forbundets arvtager i Danmark og Norge. I løbet af det 16. århundrede blomstrer Flensborg op og bliver en både rig og betydningsfuld købstad. Med sine 5000 indbyggere og en handelsflåde på 200 skibe er den største handelsby under kronen, større og mere betydningsfuld end både København og Hamborg på denne tid. Velhavende borgere skænker store kostbarheder til kirkerne St. Marie og St. Nikolai. Både handelsboderne ved Nørretorv, de såkaldte „Schrangen“, Nørreport og Kompagni-porten, hvor skipperlauget har til huse, stammer fra denne tid. På grund af 30-års-krigen 1618-1648 og de Nordiske Krige fra 1712-21 følger en nedgangsperiode. Wallensteins tropper besætter byen i 1627, i 1643 og 1657 følger svenskerne, 1658 den store kurfyrste og 1713 atter svenskerne. Da man i 1721 kan begynde at tænke på en genopbygning af den hærgede by, er Flensborg forlængst blevet overhalet af København og Hamborg. Flåden er skrumpet ind til blot ni skibe, og havnen er sandet til.
Grundlaget for en genopbygning bliver især skabt gennem handelen med Norge. Skibe fra Flensborg fragter landbrugsvarer til Norge, og her lastes fisk og tran, som fragtes til havnene langs Østersøen så langt væk som til St. Petersborg. Efterhånden udvides også handelskontakterne til Frankrig og Spanien. Udstyret med privilegier af den danske konge Christian VII sejler man i slutningen af det 18. århundrede til De Vestindiske Øer for dér at hente rørsukker, tobak og rom, som siden videreforarbejdes i Flensborg.
I 1795 tæller handelsflåden igen 295 skibe. Da den danske helstat i begyndelsen af det 19. århundrede vælger Napoleons side, er det en skæbnesvanger beslutning for Flensborg. Danmark mister Norge og Flensborg mister dermed ikke blot sin handelspartner men på grund af kontinentalblokaden også næsten hele sin handelsflåde.
Tabellarisk oversigt:
| 1508 | • Byen omfatter 422 beboede grund. |
| 1526 | • Reformationen indføres. Byen får indflydelse på skolevæsenet. |
| 1544 | • Kong Christian III. indfører en egen møntfod i Flensborg (Fra 1350 til 1776 var Lybecks møntfod gyldig i Flensborg.) |
| 1551 | • Franciskanerklosteret St. Katharinen, spedalskhed-hospitalet St. Jørgen og andre stiftelser lægges sammen til stiftelsen ”Helligåndsklosteret”. Klosteret er selvstændig domstol og forvaltningscentrum for forstaden St. Jørgen og klosterområdet. |
| 1558 | • ”Politiforordningen” vedtages. Den indeholder bestemmelser om bymuren, skibbroen, købmændende, skipperne, om at brygge, bage, slagte, m.m. |
| 1566 | • Latinskolen – det nuværende ”Altes Gymnasium” – bliver grundlagt. |
| 1573 | • Flensborg bryder med Husum. Det betyder afslutningen på det for begge byer fordelagtige samarbejde om transithandelen mellem Nord- og Østersøen. |
| 1590 | • En ”Nystad” – bydelen Johannisgade/Jørgensgade – bliver anlagt uden for Angelboporten. |
| 1595 | • St. Marie-menigheden bygger salgsboderne, de såkaldte „Schrangen“, ved Nørretorv. • Den nuværende Nørreport bygges som led i byens udvidelse. |
| 1601 | • Grænsen for byens jorder lægges fast. Hovedparten af grænsestenene fra dengang er bevaret. • Indbyggertallet er på omkring 6000. |
| 1602 | • Kompagniporten med byvægten opføres. |
| 1606 | • Et gadegennembrud mod syd skabes ved anlæggelsen af en ny gade – den nuværende Rødegade/Slesviggade. Samtidig opføres byporten „Rødeport“ (nedrevet 1874). |
| 1626-1721 | • Krigenes århundrede. Flensborg mister sin økonomiske betydning i forhold til København og Hamborg. • Skriftsprog: højtysk. • Hverdagssprog: plattysk, sønderjysk. |
| 1734 | • ”Flensburger Commercium” – forløberen af Handelskammeret, bliver stiftet. |
| 1749 | • Det ”Grøndlandske kompagni” for hval- og sælfangst bliver grundlagt. |
| 1766 | • Forpligtelsen til fællesdyrkningen af bymarken ophæves • Flensborgs første avis udgives. |
| 1769 | • Sejladserne til De vestindiske Øer starter. |
| 1792 | • Flensborg har cirka 11.500 indbyggere. |
| 1795 | • Et teater åbnes. |
| 1796 | • Bebyggelse af arealet uden for Nørreport bliver tilladt, 1797 starter opførselsen af Nystaden (tidligere Ramsharde). |
